Facturation électronique : quel impact sur les notes de frais ?

La généralisation de la facturation électronique à compter de 2026 ne se concentre pas uniquement sur les échanges entre entreprises. Elle transforme également certains processus internes, dont un souvent sous-estimé : le traitement des notes de frais.

Repas, déplacements, hébergement, indemnités kilométriques, toutes ces dépenses, gérées en dehors des flux de facturation classiques, s’inscriront désormais dans un cadre normatif plus strict.

Pour comprendre les enjeux et anticiper correctement ces changements, il est essentiel de revenir sur les règles prévues par la réforme et leurs conséquences concrètes pour les entreprises.

Gestion des notes de frais et facturation électronique : un cas particulier

Au sein des entreprises, il arrive fréquemment que des salariés supportent des dépenses professionnelles (frais de repas, frais de déplacement, etc.) dans le cadre de leur activité et pour lesquelles ils seront, par la suite, remboursés par leur entreprise.

Les notes de frais impliquent un schéma spécifique : un salarié, appelé « tiers payeur », paie un fournisseur, mais c’est l’entreprise qui supporte réellement la dépense et récupère la TVA lorsque c’est possible.

Selon la nature du justificatif de la dépense et l’identité du destinataire de la facture, trois situations sont susceptibles de se présenter :

• le salarié paie les frais et la facture est établie au nom de l’entreprise ;
• le salarié paie les frais et la facture est établie à son nom ;
• le salarié n’a pas reçu de facture, mais seulement un ticket de caisse.

Chacune de ces situations entraîne des obligations différentes dans le cadre de la réforme de la facturation électronique.

Facturation électronique : ce qui est prévu pour les notes de frais

Facture établie au nom de l’entreprise : e-invoicing

Si la facture payée par le salarié, au titre des frais professionnels, est établie au nom de l’entreprise qui l’emploie, il s’agit d’une facture B2B classique. Dans ce cadre, le fournisseur doit émettre une facture électronique et la transmettre via une plateforme agréée (PA).

L’entreprise devra alors intégrer ce document dans son processus e-invoicing, même si le paiement des frais a été avancé par le salarié.

Pour rappel, la réforme de la facturation électronique impose aux entreprises une obligation de transmission des données de facturation à l’administration (e-invoicing).

Les personnes soumises à l’obligation de facturation électronique doivent communiquer à l’administration fiscale les données relatives aux mentions figurant sur les factures électroniques qu’elles émettent.

La plateforme agréée devra transmettre les données requises au portail public qui, lui-même, les communiquera à l’administration.

Facture au nom du salarié : e-reporting

Si la facture est établie au nom du salarié, l’opération est assimilée à une opération B2C. De fait, le fournisseur n’a pas à émettre une facture électronique. En revanche, il doit déclarer la transaction via e-reporting.

L’entreprise, elle, se contente du justificatif pour le remboursement.

Pour rappel, la réforme de la facturation électronique instaure une obligation de transmission des données de transaction (e-reporting).

Cette obligation concerne les assujettis à la TVA qui sont établis ou ont leur domicile ou leur résidence habituelle en France.

Elle les oblige à transmettre à l’administration, sous format électronique, les informations relatives à certaines opérations (lorsqu’elles ne sont pas exonérées de TVA conformément à certaines dispositions spécifiques).

Les informations doivent être transmises sous format électronique, par l’intermédiaire d’une plateforme agréée qui les transmet au portail public, qui les communique ensuite à l’administration.

Ticket de caisse sans facture : une simple déclaration 

Un ticket sans mention du client reste hors champ de la facture électronique. Mais la dépense devra être déclarée, car elle alimente le reporting des transactions non facturées.

Conséquences dans le processus de gestion des notes de frais

À partir de 2026, l’organisation des entreprises face aux notes de frais devra faire coexister deux circuits distincts.

Circuit « notes de frais » classique

Pour les factures au nom du salarié, les tickets de caisse et les justificatifs non soumis à e-invoicing, ces éléments seront intégrés à la solution de notes de frais de l’entreprise, comme aujourd’hui.

Circuit e-invoicing

Pour toutes les factures libellées au nom de l’entreprise, même payées par un salarié, les documents devront suivre le circuit de facturation électronique.

Un point de vigilance majeur est à souligner pour éviter les doublons entre les deux processus.

Un justificatif pourrait théoriquement :

• remonter dans la solution de notes de frais ;
• et être reçu en parallèle via la plateforme agréée.

Dans ce cadre, il faudra :

• mettre en place des contrôles de cohérence ;
• prévoir des règles de réorientation automatique ;
• sensibiliser les salariés à la bonne saisie des notes de frais.

L’objectif est clair : éviter les doubles paiements et garantir la fiabilité des données déclarées.

Notes de frais et TVA : une gestion plus encadrée

La réforme de la facturation électronique ne prive pas une entreprise de récupérer la TVA sur les dépenses professionnelles, mais elle renforce le besoin de traçabilité :

• les déductions de TVA relatives aux notes de frais nécessiteront, parfois, de corriger manuellement les préremplissages automatiques ;
• les factures devront être conservées pour les éventuels contrôles URSSAF et fiscaux ;
• la qualité des données issues des notes de frais devra être irréprochable.
  
  

Le rôle de la Plateforme Agréée (ex-PDP)

Depuis juillet 2025, les PDP sont officiellement appelées Plateformes Agréées.

Toute entreprise devra en choisir une avant le 1^er septembre 2026 pour assurer la réception, voire aussi la réception, des factures électroniques.

Concernant les notes de frais, la plateforme devra être capable :

• d’intégrer les informations du « tiers payeur » (ici, le salarié) ;
• de gérer les flux d’e-invoicing pour les factures au nom de l’entreprise, y compris celles réglées par un salarié ;
• de transmettre l'e-reporting des transactions pour les paiements directs du salarié (ticket, facture à son nom).

Une coordination étroite entre l’outil de notes de frais et la plateforme agréée sera indispensable.

En anticipant ces changements dès maintenant, les entreprises pourront transformer une obligation réglementaire en véritable levier d’efficacité et de fiabilisation comptable.